摘要：目的：揭示瑞士乳杆菌种内分化规律、解析不同亚群的功能基因组变化特征及瑞士乳杆菌在我国的生态位。方法：基于全基因组信息、依据化石时间标定瑞士乳杆菌种内系统发育与分化时间，分析142株瑞士乳杆菌不同亚群基因组特征，解析中国瑞士乳杆菌的种内分布。结果：瑞士乳杆菌种内亚群按分化先后时间依次为Clade I、Clade II、Clade III，菌株分布率分别为：1%，5%，94%。种内分化导致Clade II的菌株的氨基酸代谢基因家族显著收缩，外源细菌素免疫和多种抗生素耐药基因家族显著扩张，Clade III菌株蛋白、半乳糖利用基因家族显著扩张，其他碳水化合物利用基因家族显著收缩。我国瑞士乳杆菌菌株中97%是乳源分离株，约2%是植物分离株，1%是人源分离株。结论：瑞士乳杆菌种内分为三个亚群，种内分化没有明显地域依赖。Clade II菌株的肠道适应相关基因家族显著扩张，Clade III菌株乳源适应相关基因家族显著扩张。我国有丰富的野生瑞士乳杆菌资源，来自内蒙古、新疆、西藏、云南等地的传统发酵乳制品是主要来源。
文章目录
1 材料与方法
1.1基因组信息
1.2进化分析
1.2.1 物种树构建
1.2.2 分歧时间计算
1.2.3 基因家族收缩和扩张
1.3 比较基因组分析
1.3.1 泛基因分析
1.3.2 基因功能注释
1.4 数据统计分析与可视化方法
2 结果与讨论
2.1 瑞士乳杆菌种内分化规律
2.1.1 瑞士乳杆菌亚群与分化时间
2.1.2 瑞士乳杆菌菌株分离源特征
2.2 瑞士乳杆菌基因组基本特征
2.3 瑞士乳杆菌基因家族扩张收缩
2.4 瑞士乳杆菌基因家族功能注释富集分析
2.5 中国瑞士乳杆菌生态位特征
3 结论
