摘要:目的通过生物信息学技术探讨Ⅰ型胶原蛋白α1(COL1A1)在肺腺癌组织中的表达特征及其与患者预后之间的关联,以及其潜在的生物学功能。方法利用GEPIA数据库分析肺腺癌和正常肺组织COL1A1表达差异并通过HPA数据库进行验证。构建ROC曲线分析COL1A1在肺腺癌预后中的预测价值。绘制Kaplan-Meier曲线以进行生存分析,然后通过String数据库得出与COL1A1蛋白关系最密切的前10个蛋白(COL1A2、COL3A1、COL5A2、SPARC、LUM、PCOLCE、ADAMTS2、BMP1、ITGB1、RUNX2)。通过R软件分析相关蛋白的生物学功能。结果相比于正常肺组织,COL1A1在肺腺癌组织中显著高表达(P<0.01)。ROC曲线显示,COL1A1在肺腺癌和正常肺组织之间有较好的预测的价值。与COL1A1低表达组相比,COL1A1高表达组OS较差(P<0.05)。与COL1A关系密切的前10个蛋白主要在胶原纤维组织、原纤维胶原三聚体、细胞外基质结构成分、蛋白质消化和吸收等方面发挥作用。结论COL1A1的异常表达参与了肺腺癌发生、发展过程,或可成为肺腺癌的诊断、治疗靶点,但其在肺腺癌中发挥的具体功能尚需进一步体外研究。
文章目录
1 材料与方法
1.1 COL1A1在肺腺癌中表达水平
1.2 COL1A1蛋白在肺腺癌和正常肺组织中的表达验证
1.3 基于TCGA数据构建ROC曲线
1.4 生存分析
1.5 COL1A1蛋白相互作用网络及功能分析
1.6 相关蛋白功能富集分析
2 结果
2.1 COL1A1在肺腺癌中表达
2.2 肺腺癌中COL1A1蛋白在HPA数据库中的表达
2.3 基于TCGA数据COL1A1 绘制ROC曲线
2.4 生存分析
2.5 COL1A1蛋白相互作用网络及功能分析
2.6 COL1A1及相关蛋白的富集分析
3 讨论