摘要：为筛选豁眼鹅豁眼性状和深浅黄羽性状的分子标记，本研究首先利用1日龄雏鹅中不同表型个体（n=10，共40只，不分性别）的皮肤样检测候选基因（FREM1、SLC45A2、TYRP1和PTPRM）编码序列（CDS）中的核酸多态位点，再利用95只雏鹅的基因组DNA检测CDS上筛选到的关键多态位点，并与性状进行关联分析。本研究还对于候选基因PRLR基因的内含子序列进行了类似的分析。此外，为探究性状形成的分子基础，本研究通过对皮肤组织样的转录组测序分析，筛选出差异表达基因及其富集的通路。结果表明，在FREM1基因CDS上共筛选到15个单核苷酸多态（SNP）位点（SNP1-SNP15），其中7个为错义突变，8个为同义突变，且SNP10、SNP14和SNP15位点与豁眼性状显著关联。在PTPRM基因CDS上共筛选到7个SNPs位点（SNP1-SNP7），其中2个为错义突变，5个为同义突变，且SNP5在等位基因水平与豁眼性状显著关联。在SLC45A2基因CDS上共筛选到11个SNPs位点（SNP1-SNP11），其中10个为错义突变，1个为同义突变，且无位点与深浅黄羽性状显著关联。在TYRP1基因CDS上共筛选到2个SNPs位点（SNP1和SNP2），均为同义突变，且与深浅黄羽性状的关联在等位基因水平接近显著水平。在PRLR基因内含子中筛选到缺失或插入突变（INDEL），即插入突变1（INS1）、插入突变2（INS2）和缺失突变（DEL），且与深浅黄羽性状显著关联。转录组测序分析共筛选到与豁眼性状有关的差异表达基因131个（62上调和69下调），主要富集于细胞外基质受体相互作用和细胞粘附分子通路，与羽色性状有关的差异表达基因1 280个（92上调和1 188下调），主要富集于神经活性配体-受体相互作用、酪氨酸代谢、苯丙氨酸代谢和钙信号通路等通路。总之，关联分析结果不仅筛选到一些与豁眼性状和雏鹅深浅黄羽性状显著关联的分子标记，而且为支持FREM1、PTPRM、PRLR和TYRP1是这些性状的致因基因提供了更多的科学证据。此外，转录组测序分析表明细胞外基质受体相互作用、细胞粘附分子、神经活性配体-受体相互作用和酪氨酸代谢等通路参与这些性状的形成。
文章目录
1 材料与方法
1.1试验动物
1.2组织总RNA的提纯与cDNA的合成
1.3基因组DNA的提纯
1.4引物设计与合成
1.5 PCR及其产物的测序分析
1.6 定量PCR分析
1.7 转录组测序分析
1.8 统计分析
2 结 果
2.1 FREM1基因编码序列中核酸多态位点的筛选以及与豁眼性状的关联程度分析
2.2 PTPRM基因编码序列中核酸多态位点的筛选以及与豁眼性状的关联程度分析
2.3 SLC45A2基因编码区序列中核酸多态位点的筛选以及与深浅黄羽性状的关联程度分析
2.4 PRLR基因核酸多态位点的筛选以及与深浅黄羽性状的关联程度分析
2.5 TYRP1基因编码序列中核酸多态位点的筛选以及与深浅黄羽性状的关联分析
2.6 转录组分析
3 讨 论
4 结 论
