摘要：针对蛋鸡开产性状进行遗传评估，旨在解析开产体重、开产日龄遗传结构。表型数据源自东乡绿壳蛋鸡-白来航鸡F2分离群体。以600K基因芯片对1 534只F2代试验鸡进行基因型分型。SNPs数据经质量控制后，进行基因型数据填充。以一步法全基因组关联分析获得开产性状关联的遗传标记。对显著性位点进行基因注释以及GO富集分析，进一步理解这些候选基因的生物学含义。鸡开产体重属于高遗传力性状，遗传力在0.62～0.65之间；开产日龄属于中等偏高遗传力性状，遗传力在0.35与0.42之间；开产体重与开产日龄遗传相关系数为0.24～0.37。鸡1号染色体5-羟色胺受体2A（5-hydroxytryptamine receptor 2A，HTR2A）、钙结合蛋白样39（calcium binding protein 39 like，CAB39L）附近存在与开产体重显著关联QTL，另有343个支持位点超过基因组显著水平，显著性SNPs分别解释11.74%、9.34%开产体重表型方差；4号染色体筛选到开产体重QTL，候选基因为非SMC凝聚素I型复合物G亚基（non-SMC condensin I complex subunit G ，NCAPG），可解释5.68%表型方差，附近有89个SNPs超过基因组显著水平阈值；鸡9号染色体G蛋白偶联受体149 （G protein-coupled receptor 149，GPR149）附近存在开产体重QTL，可解释1.33%的表型方差。开产日龄QTL位于5号染色体石蛋白2（stonin 2，STON2）基因附近以及9号染色体Mg2+/Mn2+依赖性蛋白磷酸酶样1（protein phosphatase， Mg2+/Mn2+ dependent 1L，PPM1L）附近，分别解释1.80%、1.22%表型方差。应用一步法GWAS，在鸡9号染色体物理位置22 Mb附近新发现与开产体重、开产日龄关联的遗传座位，还在5号染色体物理位置40 Mb附近新发现一个开产日龄关联的遗传座位。GO富集分析进一步表明，开产体重表型变异与性腺发育相关，开产日龄表型变异与钙离子转运相关。
文章目录
1 材料与方法
1.1 试验动物
1.2 基因型分型
1.3 统计分析
1.3.1 遗传参数
1.3.2 全基因组关联分析
1.3.3 条件分析
1.4 基因注释
2 结 果
2.1 表型数据
2．2 遗传参数
2.3 候选基因
2.3.1 开产体重遗传标记
2.3.2 开产日龄遗传标记
3 讨 论
3.1 遗传参数
3.2 候选基因
3.2.1 开产体重
3.2.2 开产日龄
3.2.3 GO富集分析
4 结 论
