摘要:为探讨失巢凋亡相关lncRNAs(Anoikis-related lncRNAs,ARLs)在头颈鳞癌(Head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的预后价值并构建预后和免疫活性模型,从癌症基因组图谱(The cancer genome atlas,TCGA)数据库下载 HNSCC患者的转录组数据(RNA-sequencing,RNA-seq)和临床资料;利用生物信息学方法筛选预后相关ARLs,构建预后模型并验证准确性,随后检测其相关免疫浸润情况;最后通过一系列体外实验验证数据库分析结果的准确性。预后模型包括6个ARLs,具有较高的预测HNSCC患者预后效能,可作为HNSCC患者独立预后因素,且该模型可以用来预测患者免疫活性。此外,实时荧光PCR(real-time PCR,RT-PCR)结果与数据集分析结果一致。流式分析结果显示,ARLs显著影响HNSCC细胞失巢凋亡(P < 0.01)。研究表明构建的ARLs是一个新且高效的预后和免疫活性预测模型,为失巢凋亡在HNSCC临床预后中的研究奠定基础。
文章目录
1 材料与方法
1.1 数据采集
1.2 ARLs预后模型的构建及验证
1.3 免疫细胞浸润评估
1.4 细胞培养
1.5 Real-time PCR
1.6 小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)转染
1.7 流式细胞术
1.8 统计分析
2 结果
2.1 数据处理及预后ARLs鉴定
2.2 预后模型的构建与验证
2.3 风险评分是HNSCC的独立预后因素
2.4 高低风险组免疫状态差异
2.5 细胞中ARLs的表达水平
2.6 ARLs在体外促进HNSCC细胞失巢凋亡
3讨论