摘要：本研究通过分析灵丘青背山羊的遗传多样性及群体遗传结构，为其新资源鉴定提供科学依据。以灵丘青背山羊（待鉴定）、太行山羊、吕梁黑山羊和济宁青山羊共332只羊作为研究对象，采用“中芯一号”65K SNP芯片检测全基因组SNPs，利用Plink（v1.90）、VCFtools（v0.1.17）、SNeP（v1.1）和PopLDdecay（v1.90）软件进行遗传多样性分析，利用GCTA（v1.94）、MEGA v11.0.13、Admixture（v1.30）软件分析群体遗传结构。结果表明：从332个样品中共识别出59 727个SNPs，经过质量控制后剩余51 819个SNPs；主成分分析（PCA）和进化树分析结果显示，灵丘青背山羊独立于其他3个群体单独聚类；祖先成分结构分析结果显示，当K=5为最佳聚类数，灵丘青背山羊表现出特有的祖先成分比例；连锁不平衡分析（LD）结果显示，灵丘青背山羊的衰减速度介于吕梁黑山羊和太行山羊之间，其基因组选择程度适中；灵丘青背山羊有效群体含量（Ne）、群体的期望杂合度（He）、观察杂合度（Ho）、群体的多态标记比例(PN)及核苷酸多样性（Pi）分别为16.4、0.3817、0.3826、0.899、0.384；灵丘青背山羊与济宁青山羊、吕梁黑山羊、太行山羊的群体分化指数分别为0.0479、0.0328、0.0217，分化程度较低；亲缘关系分析结果显示，灵丘青背山羊群体内个体间的亲缘关系相对较远（0.00622），说明群体内近交程度较低。综上，灵丘青背山羊独立于其他3个群体单独聚类，且具有一定的遗传多样性，群体内近交程度较低，可作为一个潜在的新资源进行鉴定。
文章目录
1 材料与方法
1.1 试验材料
1.2 试验方法
1.2.1基因组DNA提取与质量检测
1.2.2 SNP分型与质量控制
1.2.3 主成分分析
1.2.4 系统进化树分析
1.2.5 祖先成分结构分析
1.2.6 连锁不平衡分析
1.2.7 遗传多样性分析
1.2.8 亲缘关系分析
2 结果与分析
2.1 基因组DNA质量检测结果
2.2 SNP分型和质控
2.3群体遗传结构PCA分析
2.4 系统进化树分析
2.5 祖先成分结构分析
2.6 连锁不平衡分析
2.7 群体遗传多样性分析
2.8 群体分化指数分析
2.9 亲缘关系分析
