微型反向重复转座子（MITE）作为真核基因组中活跃的可移动元件，其插入多态性为种质遗传多样性分析提供了新型分子标记。本研究基于火龙果“莞华白”全基因组数据，通过生物信息学方法系统鉴定了hAT家族MITE转座子，共筛选出2350个具有完整末端反向重复（TIR）和靶位点重复（TSD）特征的候选元件，平均每对染色体213个。基于序列特异性及多态性分析，从中选出110个(每对染色体10个）高差异位点设计引物，经PCR扩增验证后成功开发出41个稳定多态性hAT-MITE标记。进一步利用41对引物对48份火龙果种质进行全基因组扫描，通过琼脂糖凝胶电泳共检测到81个多态性位点（多态率97.59%）;UPGMA聚类分析表明48份材料存在着丰富的变异和遗传多样性（遗传相似系数在0.57～0.91之间），在遗传相似系数为0.63时，将品种资源划分为4个遗传结构显著差异的类群。基于引物-带型组合法，精选4对核心引物（HU-MITE-02/06/26/75）构建了覆盖全部种质资源的数字化指纹图谱，其品种鉴别准确率达100%。本研究首次建立火龙果hAT-MITE分子标记技术体系，所开发的标记库及标准化鉴定流程为火龙果种质资源精准分类、品种鉴定和品种权保护提供了高效工具，对火龙果种业知识产权保护具有重要应用价值。
