【目的】深入解析保存在宁夏农林科学院辣椒种质资源的遗传多样性和亲缘关系，为辣椒种质资源的引进、保护和应用提供重要的理论依据。【方法】采用SCoT、SRAP和SSR 3种分子标记技术，对收集于全国15个地区的220份辣椒种质资源进行遗传多样性分析。【结果】6个SCoT标记分别扩增出1-4条条带，14个SRAP标记分别扩增出2-4条条带，3个SSR标记分别扩增出2-5条条带，且所有标记均表现出100%的多态性条带百分比。进一步分析发现，SSR标记的平均多态性信息指数（PIC）最高，达到0.77，显著高于SCoT (0.55)和SRAP (0.55)，表明SSR标记在遗传多态性检测中更具优势，其中，HpmsE088为最优SSR标记。聚类分析、主坐标分析和群体遗传结构分析将15个地区的种质划分为两大类群（Group 1和Group 2），其中Group 1包含中国四川、中国辽宁、中国新疆、中国山东、中国宁夏和中国湖南的种质，Group 2则包括中国（云南、江苏、河南、甘肃、北京和安徽）、荷兰、日本和美国的种质。此外，83.2%的种质表现出较高的纯合性。果形特征与聚类分组存在一定的相关性，Group 1中线形果实的辣椒种质比例显著高于Group 2，而所有短牛角形果实的辣椒种质均被归入Group 2。【结论】保存在宁夏农林科学院的辣椒种质资源具有较高的遗传多样性，根据遗传信息主要可以被划分为2组。
