摘要：【背景】鸭疫里默氏杆菌（Riemerella anatipestifer，RA）可引起禽类的传染性浆膜炎，严重威胁世界养禽业的健康发展，其血清型的不断变化引起广泛关注。【目的】了解菌株RAf950的血清型、耐药性、毒力和全基因组序列信息。【方法】采用琼脂扩散试验、药敏试验和动物试验对菌株RAf950进行血清型、耐药性和毒力检测；通过Illumina测序、组装以获取该菌株基因组序列，使用GeneMarkS等分析其基因组组分，将基因组序列与NR、COG等数据库进行比对，预测基因功能。【结果】RAf950为血清5型RA，对阿奇霉素、氟苯尼考和头孢氨苄等9种抗生素敏感，对多粘菌素B、复方新诺明、阿米卡星、替加环素、恩诺沙星等14种抗生素耐药。RAf950对14日龄番鸭的半数致死量(LD50)为6.6×105 CFU。RAf950全基因组大小为2 115 628 bp，编码1 977个基因，注释到50个耐药相关基因、2个毒力基因和3个突变导致病原致病能力增强的基因。【结论】本研究完成了一株血清5型RA菌株的耐药性、毒力及全基因组序列分析，为进一步研究RA的耐药机理和致病机制提供了参考。
文章目录
1 材料与方法
1.1 菌株及实验动物
1.1.1 培养基
1.1.2 主要试剂和仪器
1.2 菌株的血清型鉴定
1.3 菌株对药物的敏感性检测
1.4 菌株对番鸭的半数致死量(LD50)测定
1.5 全基因组测序
1.6 基因组组分分析
1.7 基因功能注释
1.8 系统进化分析
2 结果与分析
2.1 RAf950的血清型鉴定结果
2.2 RAf950对药物的敏感性检测结果
2.3 RAf950对番鸭的LD50
2.4 RAf950的全基因组组分分析结果
2.5 基因功能注释结果
2.5.1 CARD数据库注释结果
2.5.2 耐药基因所处的基因环境分析
2.5.3 VFDB数据库注释结果
2.5.4 PHI数据库注释结果
