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摘要：随着高通量技术的发展，基因组尺度代谢网络模型（GEMs）作为一种新兴模型，可以在系统层面上理解微生物的生化表型，描述和预测其菌株的行为。研究构建了首个来自高盐废水活性污泥中海洋单胞菌GK1（Oceanimonas sp. GK1）的GEM，通过迭代修正，最终形成iZJ929。借助此模型，预测了该菌株的中心代谢途径代谢通量分布，发现在缺氧条件下，糖酵解和三羧酸循环途径通量增加，以满足细胞的能量需求。分析了其产四氢嘧啶的过表达靶点，在以葡萄糖和乙酸作为模拟底物时，分别有8种和7种潜在扩增靶点，为后续遗传改造提供有效信息帮助。总的来说，GEMs是环境工程领域的一个有效工具，此模型的建立为解析Oceanimonas sp. GK1其生长表型提供理论支持。
文章目录
0引 言
1 材料方法
1.1 Oceanimonas sp. GK1的分离鉴定
1.2 代谢网络草图的构建
1.3 基于约束的建模方法
1.4 ATP合成和呼吸链校正
1.5 生物量合成管理和网络空缺填补
2 结果与讨论
2.1 基因组注释与草图模型的构建
2.2 ATP合成修正
2.3 生物量前体合成途经校验与空缺填补
2.4 预测中心代谢途径代谢通量分布变化
2.5 细胞内产四氢嘧啶过表达靶点的鉴定
3 结 论
