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摘要：旨在利用全基因组关联分析（genome-wide association study， GWAS）挖掘与鉴定吐鲁番黑羊的体重和体尺性状的相关候选基因及分子标记，为吐鲁番黑羊的选育提高及资源开发利用提供科学依据。本研究选取129只年龄在1～3岁、饲养环境一致的健康吐鲁番黑羊公羊，测定体重、体高、体斜长、胸围、管围、胸宽、胸深、尾宽、尾长共9项体重体尺性状表型数据；随后使用的一次性采血管（添加EDTA-K2抗凝剂）采集5 mL颈静脉外周血提取DNA。对合格的DNA样本进行简化基因组测序（genotyping-by-sequencing， GBS），运用samtools、bcftools等软件对原始测序数据进行检测、过滤及功能注释；然后利用GCTA、treebest、GEMMA等软件分别完成群体遗传结构分析、群体分层评估及全基因组关联分析。本研究测序得到160.88G的Raw data ，质控后Clean data为157.87G，获得460 766个SNPs位点。全基因关联分析在9个性状中共筛选到74个显著SNPs位点(P＜10-5)，进一步注释得到到39个候选基因。单倍型分析发现候选基因的多个显著位点均位于单倍型block区域内。本研究鉴定了与吐鲁番黑羊体重体尺性状显著关联的SNP位点及候选基因，为深入解析这些性状的遗传机制提供了重要依据，同时也为吐鲁番黑羊分子标记辅助育种提供了基础数据。
文章目录
1材料与方法
1.1试验材料及样本数据收集
1.2 试验方法
1.3数据分析
1.3.1测序数据质控、比对及SNP 检测
1.3.2群体结构分析和连锁不平衡分析
1.3.3全基因组关联分析
1.3.4 GO和KEGG富集分析
2结 果
2.1表型性状测量结果
2.2群体结构与连锁不平衡分析结果
2.3 全基因组关联分析
2.4 显著SNP位点单倍型分析
2.5 相关候选基因GO和KEGG富集
3讨 论
3.1吐鲁番黑羊体尺性状GWAS分析
3.2 影响吐鲁番黑羊体尺性状的显著SNP单倍型分析
3.3 相关候选基因的功能富集分析
4、结 论
