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大豆GmEXPB3和GmEXPB6生物信息学分析及干旱和盐胁迫诱导表达

2024-06-21 11:17400下载
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  摘要:膨胀素(Expansin,EXP)通过调控细胞壁的松弛在植物应对环境胁迫过程中起着重要作用。为研究EXP基因在大豆应对干旱和盐胁迫过程中的作用,对大豆中的两个EXP基因(GmEXPB3和GmEXPB6)进行生物信息学分析,通过实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测基因干旱和盐胁迫后的表达量。结果表明:GmEXPB3和GmEXPB6基因分别位于大豆第3和11号染色体上,编码的蛋白序列长度分别为267和277个氨基酸。GmEXPB3蛋白分子量为28.81 kDa,理论等电点为5.62;GmEXPB6蛋白分子量为29.37 kDa,理论等电点为4.95。GmEXPB3和GmEXPB6均为不稳定的亲水蛋白且定位于细胞壁中。GmEXPB3和GmEXPB6蛋白均含有1个保守的DPBB_1结构域。GmEXPB3蛋白与小麦TaEXPB10蛋白的亲缘关系最近,GmEXPB6蛋白与大豆GmEXPB2蛋白亲缘关系最近。干旱胁迫能够诱导GmEXPB3的表达,但不能诱导GmEXPB6的表达。盐胁迫能够诱导GmEXPB3和GmEXPB6的表达。GmEXPB3的启动子区域含有5种与逆境有关的顺式作用元件,GmEXPB6的启动子区域含有4种与逆境有关的顺式作用元件。研究结果可为大豆EXPB基因抗逆机制的研究及应用提供理论依据。

  文章目录

  1 材料与方法

  1.1 材料

  1.2 试验设计

  1.3 方法

  1.3.1 生物信息学分析

  1.3.2 RNA提取及cDNA合成

  1.3.3 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)

  2 结果与分析

  2.1 GmEXPB3和GmEXPB6基因及编码蛋白序列分析

  2.2 植物EXPB蛋白系统进化分析

  2.3 GmEXPB3和GmEXPB6干旱胁迫表达分析

  2.4 GmEXPB3和GmEXPB6盐胁迫表达分析

  2.5 GmEXPB3和GmEXPB6启动子顺式作用元件预测分析

  3讨论

  4 结论



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