摘要：了解柑橘轮斑病菌的线粒体基因组密码子使用特点及其形成的原因，可为理解其遗传进化和致病机制提供新的视角。利用Phylosuite V1.2.3、CodonW1.4.2、RSCU、EMBOSS等在线软件对筛选出的柑橘轮斑病菌线粒体基因组14个CDS（蛋白编码序列）进行密码子偏好性分析，筛选最优密码子。结果表明，柑橘轮斑病菌线粒体基因组密码子GC含量整体偏低，平均值为29.42%，GC含量呈现GC2（34.13%）>GC1（33.65%）>GC3（19.85%）趋势；CAI（密码子适应指数）范围在0.108～0.173之间，平均为0.142<1，表明其对密码子的使用具有一定程度的偏好性，但这种偏好性不强。GC1分别与GC3s、ENC存在极显著负相关关系（p<0.01），而GC2与GC，GC3分别与GC3s、ENC，GC3s与ENC，CBI与FOP之间均存在极显著正相关关系（p<0.01）。鉴定出UUA、AUA、AAU等26个高频密码子（RSCU值>1），且全部以碱基A/U结尾。柑橘轮斑病菌线粒体基因组的密码子偏好性形成，受基因突变和自然选择双重作用，但以自然选择为主。筛选出6个最优密码子，分别为GCA、GCU、AUA、UUU、UCA、UUA，均以A/U结尾。柑橘轮斑病菌线粒体基因组密码子偏好以A/U结尾，但偏好程度较弱，自然选择对密码子偏好性形成起主要作用。研究结果为病原真菌不同种属间线粒体基因组的研究提供了数据支持。
文章目录
1 材料与方法
1.1 序列材料
1.2 密码子偏好参数计算
1.3 中性绘图分析
1.4 ENC-plot绘图
1.5 筛选最优密码子
2 结果与分析
2.1 密码子偏好相关指标分析
2.2 同义密码子相对使用频率
2.3 中性绘图分析
2.4 ENC-plot绘图分析
2.5 最优密码子分析
3 讨论
4 结论
