摘要：【背景】弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）是一种人兽共患条件致病菌，多重耐药菌株的出现给全球公共健康带来严重威胁。2024年9月，扬州大学附属医院从人手掌软组织感染脓液中分离了一株细菌。【目的】对分离的细菌进行种类鉴定、生物学特性研究和全基因组测序分析。【方法】通过革兰氏染色、16S rRNA基因测序和全基因组序列分析鉴定该菌种类。通过生长曲线、药物敏感性和致病性测定探究该菌生物学特性。利用二代Illumina PE150测序和三代PacBio测序获得该菌全基因组序列，并借助多种生物信息学工具进行序列分析。通过实时荧光定量PCR （RT-qPCR）检测铁摄取相关毒力因子在铁限制条件下的表达情况。【结果】经鉴定，该菌为弗氏柠檬酸杆菌。生长曲线测定结果显示，该菌在第1 h左右进入指数生长期，在第7 h OD595值最高。药物敏感性测定结果显示，该菌对头孢拉定、阿米卡星、庆大霉素等8种药物耐药，对羧苄西林、头孢唑林、头孢曲松等11种药物敏感。致病性测定结果显示，该菌在斑马鱼模型中表现出较高致病性。全基因组测序分析结果显示，该菌全基因组大小为4 938 581 bp，GC含量为51.77%，预测编码4 576个基因，其中耐药基因有24个，毒力因子有44个。该菌基因组中预测有27个移动遗传元件、13种RNA调控元件和27个特有基因。RT-qPCR结果显示，该菌的铁摄取相关毒力因子在铁限制条件下显著上调表达。【结论】分离自人手掌软组织感染脓液的细菌为弗氏柠檬酸杆菌，该菌表现出较强耐药性和较高致病性，其基因组中携带多个耐药基因和毒力因子，临床上需引起重视。
文章目录
1 材料与方法
1.1 菌株、引物和实验动物
1.2 培养基、主要试剂和仪器
1.3 细菌菌落形态观察和革兰氏染色
1.4 细菌16S rRNA基因鉴定
1.5 细菌生长曲线测定
1.6 细菌药物敏感性测定
1.7 细菌致病性测定
1.8 细菌全基因组测序及分析
1.9 RNA提取和RT-qPCR
2 结果与分析
2.1 WDS的形态学特征
2.2 WDS的分子生物学鉴定结果
2.3 WDS的生长特性
2.4 WDS的药物敏感性
2.5 WDS的致病性
2.6 WDS的全基因组测序分析
2.6.1 WDS全基因组信息
2.6.2 WDS编码基因的COG功能分类
2.6.3 WDS编码基因的GO功能注释
2.6.4 WDS编码基因的KEGG通路分析
2.6.5 耐药基因预测
