为明确南方水稻黑条矮缩病在海南省发生情况及其病原——南方水稻黑条矮缩病毒（Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV）变异情况，本研究采用RT-PCR方法对海南省5个地区表现为萎缩和叶色浓绿症状的154份水稻样品进行检测。结果表明：SRBSDV平均检出率为50.12%。对其中7份样品的SRBSDV外壳蛋白（Coat protein,CP）基因序列进行克隆和遗传多样性分析。结果表明：7条CP序列核苷酸和编码蛋白氨基酸序列一致性分别为99.51%～99.82%和99.23%～99.72%；与NCBI数据库中获取的其他15条SRBSDV分离物的CP基因核苷酸和氨基酸序列一致性分别为97.82%～99.83%和97.50%～99.21%。构建系统发育进化树发现SRBSDV CP基因序列与来自江苏（登录号：HQ916872）和越南（登录号：KM454846）序列聚为一簇，亲缘关系较近。遗传距离分析显示，7条序列与江西分离物（登录号：JQ927009）的遗传距离为0.002～0.005，差异不显著。
