基于生物信息学筛选帕金森病关键基因与信号通路

2025-04-25 20 1.03M 0

  摘要:目的 通过生物信息学方法筛选与帕金森病(Parkinson's disease, PD)相关的关键基因、功能富集及信号通路。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)下载帕金森病芯片数据集GSE7621,运用加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)筛选关键基因模块,并使用R软件进行差异表达基因(Differentially Expressed Genes, DEGs)的筛选。对筛选出的DEGs进行GO和KEGG通路分析,并通过STRING数据库和Cytoscape软件识别DEGs中的关键基因。结果 WGCNA和差异基因筛选共得到133个关键基因。GO与KEGG分析显示,主要生物过程涉及泛素化及组蛋白修饰。关键基因包括CUL7、KAT2A、DDB1、ANAPC7、ATXN7L2、TADA2B、SGF29、PSMB1、RSAD1及MRPL30。结论 本研究筛选出与帕金森病相关的关键基因,揭示了泛素化、组蛋白修饰等机制的潜在作用。结合中医辨证理论,为中医药治疗帕金森病的现代化研究提供了科学依据。 

  文章目录

  1 材料与方法

  1.1 芯片数据处理

  1.2 WGCNA网络构建与样本预处理

  1.3 软阈值选择与邻接矩阵构建

  1.4 拓扑重叠矩阵(TOM)与模块识别

  1.5 基因与表型信息匹配与相关分析

  1.6 筛选的基因的差异表达基因 (DEG) 分析

  1.7 GO和KEGG分析与PPI网络的构建

  2 结果

  2.1芯片数据预处理

  2.2 无尺度网络构建与模块划分

  2.3 核心基因的筛选

  2.4 GO与KEGG富集分析

  2.5 核心基因富集分析

  3.讨论



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