生态环境损害救济的体系化需求暗示了惩罚性赔偿需发挥“补充私法救济的威慑短板、拓展公权机关的惩戒调整空间、为环境利益关联方提供明确后果预期”等作用。在实践中，惩罚性赔偿的适用存在诸多问题。首先，惩罚性赔偿的适用容易产生公法威慑与私法填复的功能混淆，这既表现为在公法威慑的场合不当渗透私法填复的属性，也表现为在私法填复的场合过分注重威慑效果的落实。分析惩罚性赔偿的主要规定，也可发现混淆问题。其次，惩罚性赔偿的泛滥局限了生态环境损害救济的客观效果。具体而言：其一，惩罚性赔偿的“优位化”掩盖了生态环境损害救济机制的内核；其二，惩罚性赔偿的滥用过分加重了责任主体的负担；其三，惩罚性赔偿的效果衡量模式被不合理地推广，阻碍了对生态环境损害与修复的科学评估。最后，惩罚性赔偿被单纯地作为利益博弈或交易的手段。换言之，一方面，惩罚性赔偿在利益博弈乃至交易中的应用扰乱了生态环境损害救济体系的安排；另一方面，惩罚性赔偿的差异化适用创造了诸多约束漏洞。为此，惩罚性赔偿未来开展系列改革需发挥法治体系完善、裁量精准化与利益博弈的功能。改革者有必要在环境法、专门法与技术法三方面开展法律依据变革，并注重惩罚性赔偿金的专门收取与科学管理，且同时采纳定额赔偿与活性赔偿两种实施模式。
