摘要：为研究田菁在盐胁迫下基因表达谱的变化,揭示其耐盐分子机理,采用RNA-Seq技术对NaCl胁迫处理不同时长的田菁根进行转录组测序,并进行de novo组装和功能注释,对差异表达基因进行生物信息学分析。结果表明:田菁在150 mmol·L-1 NaCl胁迫3和27 h时,分别产生571和1765个差异表达基因,这些差异表达基因功能主要涉及次生代谢、碳代谢、糖酵解及苯丙烷合成等过程;此外,分属于17和26个转录因子家族的32和66个转录因子在盐胁迫的不同阶段表达水平发生变化。综上,田菁对盐胁迫的响应是一个多基因参与、多个生物代谢过程协同调控的过程。本研究为揭示田菁耐盐分子机制及耐盐相关基因挖掘奠定了基础。
文章目录
1 材料和方法
1.1 材料处理
1.2 RNA-Seq测序与序列组装
1.3 功能注释和代谢通路分析
1.4 差异表达基因(DEGs)的KEGG富集分析和转录因子分析
2 结果与分析
2.1 测序结果及de novo组装
2.2 Unigenes功能注释和分类
2.3 差异表达基因的筛选和KEGG富集
2.4差异基因转录因子分析
3讨论
4结论
