面对百年未有之大变局与全球产业链供应链重构趋势,探究中国产业链与创新链耦合协调水平及区域发展差异是精准对接科技创新与产业发展的有益举措,对于强化科技创新与产业创新深度融合、打造现代化产业体系具有重要意义。选取中国287个地级及以上城市作为样本,采用耦合协调模型测度产业链与创新链耦合协调水平,随后借助Dagum基尼系数法与空间莫兰指数探究二者耦合协调发展的区域差异与空间效应。研究发现:整体来看,2013—2022年中国产业链与创新链耦合协调度呈现上升态势,处于中度耦合协调等级。分地区来看,研究期内中国产业链与创新链耦合协调水平存在明显地区和城市差异,主要表现为东部地区与一线城市的耦合协调度均值高于其他地区。区域差异分解结果表明,中国产业链与创新链耦合协调发展的地区差异逐步缩小,且超变密度是形成地区差异的主要来源;城市差异亦稳步缩小,且城市间差异是产生城市差异的主要来源。空间效应分析结果显示,中国产业链与创新链耦合协调度存在正向空间溢出效应,且该作用随时间推移逐步增强。因此,提出提高产业链发展质量、提升创新链发展水平、驱动产业链创新链协同发展、缩小产业链与创新链地区差异的政策建议,以促进产业链与创新链耦合协调发展。